Der Schutz der Süßwasserlinse hat im Projekt Tarchon Interkonnektor eine sehr hohe Priorität.
Bei der Inselquerung wird der Untergrund der Insel mittels eines gesteuerten Horizontalspülbohrverfahrens (HDD) durchquert. Entscheidend ist, dass dieses Verfahren keinen offenen Eingriff in die wasserführenden Schichten der Insel erfordert.
Die Bohrung erfolgt in einem geschlossenen System. Der Bohrkanal wird stabilisiert und anschließend mit einem Schutzrohr ausgekleidet, in das später das Kabel eingezogen wird. Dadurch entsteht keine dauerhafte Verbindung zwischen unterschiedlichen Grundwasserhorizonten, und eine Vermischung von Süß- und Salzwasser wird vermieden.
Die genaue Tiefenlage der Bohrung wird auf Grundlage geologischer und hydrogeologischer Untersuchungen festgelegt. Ziel ist es, die natürlichen wasserführenden Schichten der Insel möglichst wenig zu beeinflussen.